优惠1：分线管理政策
根据此前颁布的《横琴总体发展规划》，所谓“分线管理”，即对现有的横琴口岸功能进行调整，实施“人员、交通运输工具和货物的进出境查验功能分开，人员和交通工具的通关仍按目前通关模式运作放在一线查验，货物的进出境查验功能后移至“二线”。
优惠2:15%企业的所得税
针对横琴自贸区的企业，凡属横琴《优惠目录》内产业的企业，主营业务收入占企业收入总额70%以上，将按15%的税率征收企业所得税。《优惠目录》共五大类72条，横琴企业所得税优惠目录已增至六大类80条了。其中包含高新技术类37条、医药卫生类13条、科教研发类10条、文化创意类5条及商贸服务类7条。
优惠3：港澳居民个税补贴+租金补贴
在横琴工作的港澳居民享受与港澳地区同等的个人所得税，对个税差额给予全额补贴，同时补贴部分还将免征个人所得税。
横琴新区管委会给予跨境办公的港澳企业租金补贴，每月每平方米补贴标准Zui高不超过70元人民币且不超过每月物业管理费加房租的50%。单个企业补贴时间不超过36个月，补贴面积不超过2000 m*。跨境办公企业因发展需要，在横琴注册成立新公司且新公司在原跨境办公地址办公的，可享受与跨境办公企业相同标准的租金补贴。
博彩业及内地法律明确禁止行业的企业不得入驻办公。
优惠4：人才政策
横琴自贸区属于全国人才管理改革示范区，根据区内特殊人才实际贡献，在签证、居留、居住、医疗、配偶就业、子女入学、住房补贴等方面给予相应奖励。
对符合条件的大学生落户横琴新区，毕业期限要求由3年放宽至5年。放宽至5年的人才需要满足的条件为：毕业5年内的双大学（含原985大学、211大学）、世界500大学的全日制本科以上学历的珠海市以外的人才。也就是说，不只是毕业3年内的大学生可落户珠海，毕业5年内、符合条件的大学生也可直接落户横琴。
