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实务中，为了有利于公司实际控制人控制公司，有专家筹划成立有限合伙企业作为个人的持股平台持有上市公司股票。那么，有限合伙企业代持上市公司股票与个人直接持有上市公司股票在税收上有什么区别？

一、个人转让上市公司股票的免增值税，合伙企业转让上市公司股票需缴纳增值税。

根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1销售服务、无形资产、不动产注释规定：金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。但《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件3规定：个人从事金融商品转让业务取得的金融商品转让收入免征增值税。股票属于有价证券，根据上述规定，个人转让股票免征增值税。

但若自然人使用有限合伙企业持股，转让上市公司股票时不仅要面对可能高达35%的个税，通常因为溢价，还需要按照“金融商品转让”缴纳增值税，一般计税率为6%，并且几乎没有相应的进项可以抵扣，再加上增值税附加等税负，溢价部分的税负率可能超过40%。

二、个人从上市公司取得的股息红利免税，个人通过有限合伙间接持有上市公司股票的不享有免税优惠。

《关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》（财税〔2015〕101号）规定：个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，暂减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。

三、个人从新三板取得股息红利免税，但个人通过有限合伙间接持有新三板股票的不享有免税优惠。

根据 《关于继续实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策的公告》（财政部、税务总局、证监会公告2019年第78号）规定：个人持有挂牌公司的股票，持股期限超过1年的，对股息红利所得暂免征收个人所得税。个人持有挂牌公司的股票，持股期限在1个月以内（含1个月）的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额；持股期限在1个月以上至1年（含1年）的，其股息红利所得暂减按50%计入应纳税所得额；上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。

个人直接持有新三板的股票一年以上，可以免征个人所得税。但是个人通过合伙企业持有新三板股票一年以上，由于适用对象仅提及个人，不包括合伙企业，因此，在财政部、国家税务总局未更新政策口径前，不适用于合伙企业投资者的间接投资分红